Kaluza入門：ファイルの読み込みとプロットの作成
ここでは、Kaluza*でFlow Cytometry Standard（FCS）ファイルを開く方法と、ヒストグラムや二軸プロットなどの基本的なプロット形式を使用して独自のゲーティング階層の構築を始める方法をご紹介します。特徴や機能の詳細な説明は、取扱説明書（IFU）を参照してください。このビデオはIFUに代わるものではありません。
ファイルの読み込み
Kaluzaにファイルをインポートするには、複数の方法があります。Welcome Screen（初期画面）から行うことも、すでにソフトウェアで作業を行っている場合に行うこともできるおすすめの方法を以下で説明しています。ここで紹介されているやり方やそのほかの方法について、詳しくは、Kaluza Analysis Instructions for Use（取扱説明書）をご確認ください。Kaluzaは、バージョン3.1までのFCSスタンダードに準拠したあらゆるリストモードファイルを読み込むことができます。
- 解析したいファイルを検索します。
- ファイルを選択して、KaluzaのAnalysis List（解析リスト）にドラッグし、マウスのボタンを離します。デフォルトでは、元のファイル名がAnalysis ListのData Set列に表示されます。
基本的なプロットとゲートの作成
このデモンストレーションに用いられているデータは、正常な全血サンプルをDURAClone IM Phenotyping Basic Antibody Panelで染色、CytoFLEX LXフローサイトメーターで取得し、解析ソフトウェアを用いて解析し、生成されました。
基本的なプロットの作成
Protocolをカスタマイズできるように、Kaluzaには様々な種類のプロットとテーブルが用意されており、それぞれデータ表示用にカスタマイズすることができます。二軸ドットプロットとヒストグラムプロットの追加と設定について以下で解説します。詳細な説明と、その他のプロットタイプについての説明は、Kaluza Analysis Software Instructions for Use（取扱説明書）を参照してください。
- プロットを追加するには、Plots & Tablesのリボンタブを選択します。解析の下部にプロットを追加するには、ドットプロットまたはヒストグラムのアイコンを選択します。シート上の特定の場所にプロットを追加するには、ドットプロットまたはヒストグラムのアイコンをクリックし、希望する場所にドラッグしてからマウスボタンを離します。
- プロットのX軸またはY軸にある< Choose a parameter >のハイパーリンクを選択し、リストから表示したいパラメータを選択します。
- パラメータの選択により、ヒストグラムから二軸プロットへの切り替えや、その逆も可能です。
- プロットに関連付けられたカラーリングを更新するには、ラジアルメニューにアクセスしてColoringを選択します。これにより、例えば、ゲートと密度のカラーリングを切り替えたり、Contour（等高線）プロットとDensity（密度）プロットの帯の色を変更したりできます。
注: デフォルトでは、パラメータリストにはfcsファイルに入っているすべてのパラメータ（最大64個）が含まれます。データ解析に必要のないパラメータをアンロードする方法については、Kaluza Analysis Instructions for Use（取扱説明書）の「Editing Loaded Parameters（読み込んだパラメータの編集）」の項を参照してください。プロットからデータが欠落しているように見える場合や、ごく少数のイベントしか見えない場合は、ラジアルメニュー> Dataにアクセスして、表示するディケードの数や、Display Min/MaxまたはAutoオプションを調整します。また、Gates and ToolsリボンタブのZoomツールを使用して、表示するプロット領域を選択することもできます。
基本的なゲートの作成
ゲートは、さらに検討を進めるために用いるイベントのサブセットを定義するのに使用されます。Kaluzaでは、さらなる解析に使用するのに的確なイベントのセットを定義できるよう複数のタイプのゲートを用意しています。以下のセクションでは、Polygon Gates（ポリゴンゲート）の使用について説明します。Polygon Gateでは、最大 128 頂点のゲートを作成することができます。これにより、ゲートに含めるイベントの範囲をかなり具体的に設定することができます。Polygon Gateは、Dotプロット、Densityプロット、Contourプロット、Radar（レーダー）プロットで使用できます。
- [Gates & Tools]のリボンタブから[Polygon]のアイコンを選択します。
- ゲートの作成を開始したい場所でマウスをクリックします。
- ゲートに必要なパスを決定し、方向を変える位置ごとにマウスをクリックし続けます。ゲートを描いている間、マウスをクリックするたびに新しい線が追加され、デフォルトのゲート色が表示されて、進捗状態を示すガイドとしてはたらきます。
- ゲートが完成したら、ダブルクリックするか最初の点を選択します。
注: 頂点は、頂点を追加したい領域の上でマウスを動かすことで追加することができます。マウスポインタが手のマークに変わったら、クリックして外側にドラッグします。頂点を削除するには、Ctrlキーを押しながら削除する点をクリックします。
プロットにゲートを適用する
- オプション：ハイパーリンクを使用してプロットをゲーティングするには、プロットの上部にあるハイパーリンクを選択します。ポップアップメニューから目的のゲートを選択します。
- オプション：ドラッグ＆ドロップを使用してプロットをゲーティングするにはAltキーを押しながら、プロットの入力ゲートとして使用したいゲートを選択します。プロット上にゲートをドラッグし、マウスボタンとAltキーを離して処理を完了します。
Kaluza解析ソフトウェアは研究用としてのみご利用いただけます。診断用途には使用しないでください。
